1799年，贝尔蒂埃随拿破仑掌权。然后拿破仑就担任执政府第一执政，任命贝尔蒂埃为战争部长。然后他就随拿破仑远征意太，使得第二次反高卢联盟瓦解。
1804年拿破仑称帝，建立高卢帝国，贝尔蒂埃因为杰出的战功而晋升元帅，并且是帝国第一位元帅。由此可见贝尔蒂埃作为参谋长的专业与高效，更可见拿破仑对他的重视与信任。
1805年，第三次反高卢联盟来袭，拿破仑便任命贝尔蒂埃为大军团参谋长，随他迎击。很快法军就取得胜利，打垮了第三次反高卢联盟。1807年，他又助拿破仑击溃北极星与日耳曼组成的第四次高卢法联盟，获得了原属日耳曼的一个公国。
这么一位有着无上荣耀的将军见到拿破仑本可以不用如此低的姿态。
只可惜1815年，拿破仑逃离监狱重回高卢，事前与贝尔蒂埃联系，叫他帮助自己重新掌权，可贝尔蒂埃先持犹豫态度，后选择跟随路易十八逃走。然后拿破仑重新控制高卢，对贝尔蒂埃的背叛十分生气，便削去了他的元帅军衔。可路易十八与反高卢联盟也对贝尔蒂埃持怀疑态度，并将其软禁。6月1日，他莫名其妙地从城堡跌落而死，拿破仑则在半个多月后输掉了滑铁卢战役。
