太祖闻报，下诏褒奖北征军，且以应天为南京，开封为北京，并订定六部官制，各设尚书侍郎等官。先是明初官制，略仿元代，立中书省，总天下吏治。置大都督府，统天下兵政。设御史台，肃朝廷纲纪。至是改立六部，定为吏、户、礼、兵、刑、工等名目。后来胡惟庸伏法，复罢中书省，废丞相等官，以尚书任天下事，侍郎为副。复分大都督府为五军都督府，统属兵部节制，权力远不如前。并增设都察院，统辖台官，这是后话慢表（叙述明初官制，以便阅者考核）。
且说太祖以元都既定，启跸北巡，留李善长与刘基居守，自率文武百官，渡江北行。雨师洒道，风伯清尘，遥望六龙，相率额手。沿途所经，蠲免逋赋。既至北京，御奉天门，召元室故臣，询问元政得失。故臣中有一文吏，姓马名昱，顿首道：“元得国以宽，失国亦以宽。”太祖道：“朕闻以宽得国，不闻以宽失国。元季君臣，日就淫佚，驯至沦亡，是所失在纵弛，并非由过宽所致。圣王行政，宽亦有制，不以废事为宽；简亦有节，不以慢易为简。总教施行适当，自可无弊。”马昱之言，不能无失，明祖之言，恐亦未能实践。马昱惭谢而退。太祖又令放元宫人，免致怨旷。此外一切布置，概如徐达所定。当下命徐达、常遇春出师取山西，副将军冯胜，偏将军汤和，平章杨璟，随军调遣，太祖自还南京。
