在君臣正面杠的过程中，内阁首辅杨廷和四次封还御批，态度强硬到皇帝毫无办法，只能以“朕不当这个皇帝了”相要挟。
渐渐地，天生是权斗高手的朱厚熜，摸到了与臣属斗争的门道：拉拢一派打另一派，在文官集团中培植、分化出不同的集团核心。
张璁（后改名张孚敬）、桂萼等一批新贵，借着支持朱厚熜给自己的亲生父母上尊号，获得皇帝的火箭提拔，进入帝国文官集团的核心。这样，在短短几年之间，围绕着新皇帝亲生父母的尊号问题，帝国文官内部被人为分裂成不同的派别。
虽然大礼议无关国计民生，但它却深刻地影响了明朝的历史进程。这一事件常被史学家形容为明朝历史的转折点，自此以后，原本尚可共进退的文官集团，一步步走入永无止境的分化、撕扯与内耗之中。
可以说，晚明廷臣之间拉帮结派、相互攻讦的风气，在嘉靖初年就逐渐形成，而这最终导致了大明王朝的倾覆。难怪有些史家说，明朝非亡于崇祯，实亡于嘉靖。
