第二，中外合作办学的发展不平衡。这主要体现在两个方面。其一，从合作办学的地域分布来看，主要集中在经济文化比较发达、优质高校资源也相对比较丰富的东部省份，而经济文化相对落后、高校资源，尤其是优质高校资源比较稀缺的西部地区合作办学的规模和数量都占有很小的比重。其二，从合作办学的专业来看，主要集中在经济、管理、金融、贸易等领域[93]。这其中的一个重要原因是这些专业办学成本比较低。但是，这些专业近年来国内的招生数量已经很大，也不是我们急需与国外先进水平缩小的差距的专业。因此，今后合作办学方面应该着重解决的两个问题，一是要在政策上向西部地区倾斜，争取通过合作办学起到带动西部地区高校发展的作用；二是要在合作办学的专业方面，尽量选择对提升我们国家的科技实力具有重大意义的学科领域。
第三，合作办学的层次有待提高。目前的合作办学，无论是单独设立的高校，还是合作办学项目，都还主要集中在本科层次，研究生教育，尤其是博士等高端人才的培养基本没有，这也是今后要着力解决的问题。
第四，加强中外合作办学的质量监管工作。教学质量是学校的生命，中外合作办学也不例外。但合作办学产生发展的很长一段时间内，我们缺乏对中外办学必要的质量评估和监管体系。2009年，教育部发布了《中外合作办学评估方案（试行）》，提出要对中外合作办学的学校或项目从办学宗旨、管理体系、质量管理、师资队伍、教学设施等多个方面进行评估[94]，标志着中外合作办学的质量问题已经纳入教育行政部门评估和监管的范围。这一工作很有必要，但目前还处于起步阶段，需要在今后的实践中不断总结和完善。